A partir de ese momento, el futuro Inca Qhapaq se dedicó únicamente a realizar campañas militares cada vez más extensas que lo mantendrían alejado del Cuzco por varios años, mientras en la capital, su padre Pachacútec, apoyado por el fiel Amaru, procedía a la construcción del aparato estructural del nuevo imperio. Teniendo en cuenta que fue llamado a las funciones de corrector a la edad de unos veinte años y que las ejerció durante otros quince años, su reinado no podía pasar de diez años. En efecto Pachacútec, siguiendo una práctica establecida por su padre Viracocha, había asociado al trono a su hijo Amaru Topa Inca en los últimos años de su reinado. Amaru era un príncipe dotado de altas cualidades y querido por todos los súbditos del Cuzco, pero se mostró poco proclive a la política militarista que habían adoptado los incas bajo el nuevo emperador. Toda la región estaba para entonces en manos de los incas que ocuparon Cañaribamba y Tumibamba llegando incluso hasta el mismo Quito.
Las primeras campañas del entonces príncipe Túpac Yupanqui se desarrollaron en el norte del Cuzco y tuvieron como teatro de enfrentamientos, primero la región de Jauja, luego se extendieron a los territorios aledaños al lago Bombón y terminaron con la conquista de las tierras de los Huaillas. y la posesión de Cajamarca. Luego siguió la conquista de los territorios dominados por los Chachapoyas, una fuerte etnia que, comandada por un hábil guerrero, Chuqui Sota, opuso una feroz resistencia, atrincherándose en la fortaleza de Piajajalca, pero que finalmente tuvo que rendirse. En esta época Milán asumió una importancia económica, en el contexto del tráfico comercial con el norte de Europa, que mantendrá a lo largo de la Edad Media. La portada actual de la capilla se abre con arco de medio punto con grandes cuñas y enmarcado por un alfiz con ménsulas que se abren para dar paso a una pequeña escultura, en la parte superior, que representa a Santa Ana, la Virgen y el Niño. A partir de ese momento Túpac Yupanqui quedó oficialmente asociado al reino con una suntuosa ceremonia en la que se presentó frente a su padre, junto a su hermano Amaru, para mostrar a todos el traspaso de responsabilidad y, juntos, sellar la armonía familiar que estaba en la cabeza de esta elección. Túpac Yupanqui (también conocido como Topa Inca Yupanqui) fue hijo legítimo del gran Pachacútec, el reformador del mundo y de Coya Mama Anarhuaque su consorte oficial.
Decidido finalmente a regresar al Cuzco, Túpac Yupanqui se detuvo a visitar el famoso oráculo de Pachacamac que su madre le había aconsejado honrar. Hay mucha confusión entre los "historiadores" españoles al respecto y algunos atribuyen algunas conquistas al reinado de Pachacutec en abierta contradicción con otros que las atribuyen al de Túpac Yupanqui. La audacia de Túpac Yupanqui ni siquiera podía ser limitada por la inmensidad del Océano Pacífico y el atrevido príncipe decidió intentar la hazaña. Mientras estaban en la costa, los Incas se enteraron de la existencia de islas en medio del océano y esta noticia impresionó a su comandante. Túpac Yupanqui intentó un acuerdo, pero los orgullosos nativos se negaron a someterse y se aliaron con los igualmente combativos "Quillacos" de Quito, y lucharon abiertamente. Cargado de honores y botines, Túpac Yupanqui finalmente regresó a la capital en celebración para disfrutar de un merecido triunfo. El 18 de agosto siguiente debutó con la nueva camiseta, en la victoria por 3-1 sobre el Burnley, anotando también un gol. El Elche podría salir al campo con un 4-1-4-1 con Edgar Badia en la portería; Barragán, Verdú, Diego González y Josema completan la cartera. Ramos abandonó el club tras solo una temporada y fue sustituido por Víctor Fernández, que guió al equipo hasta la octava y novena plaza de Liga y tercera jornada de la Copa de la UEFA 2002-03 (eliminación ante el Auxerre, global 1-2).
Dio sus primeros pasos en el Amarante, equipo de su ciudad natal. En la lujosa ciudad de Chan Chan, el soberano local, Chimù Capac, llevaba una vida refinada animada por la comodidad y la laxitud y era incapaz de oponerse a ejércitos toscos, pero combativos como los Incas aparecían a sus ojos. Así comenzaron las primeras peregrinaciones a la tumba del apóstol (Peregrinatio ad limina Sancti Jacobi), primero desde Asturias y Galicia, luego desde toda Europa: ya en la primera década del siglo X se enviaban desde la ciudad cartas al rey Alfonso III. de Tours para informarse sobre la tumba apostólica. En abril de 2011, la Academia Brasileña le otorgó el título de Doctor Honoris Causa en Letras. La novia escogida para Túpac Yupanqui fue Mama Ocllo, su hermana por parte de padre y madre, para reafirmar la exclusividad del linaje con un vínculo que, desde entonces, habría estado reservado sólo al soberano reinante y prohibido a todos los demás súbditos, bajo pena de castigo severo.
